Sin embargo, la primera finalidad terapéutica del magnetismo hay que buscarla en los campos magnéticos que rodean la Tierra, protegiendo a los seres vivos de las radiaciones procedentes del espacio. Por otra parte, se reconoce la utilidad que los campos magnéticos tienen en la curación o alivio de diversas enfermedades y se sigue investigando sobre sus usos y fines. La ciencia que utiliza los campos magnéticos para producir alivio o curación de las enfermedades es la llamada Magnetoterapia.

Puesto que todas las funciones del organismo pueden ser reducidas en último término a reacciones e interacciones fisicoquímicas, todas las células poseen un campo magnético con dos polos, positivo y negativo, que forman parte de campos más extensos en los tejidos a los que pertenecen. El cuerpo se encuentra en equilibrio gracias a la presencia de campos de signo opuesto: el cerebro y el sistema nervioso central poseen una polaridad positiva, mientras que los órganos y tejidos periféricos poseen polaridad negativa.

Bases fisiológicas del magnetismo:
Los campos magnéticos tienen acción directa sobre la materia viva. En 1975 Richard Blakemore sorprendió al mundo biológico cuando anunció que algunas bacterias reaccionan al magnetismo y las llamo magnetostáticas.
Posteriormente se descubrió el "magnetosoma" en el citoplasma de las bacterias que le da sentido magnético. Más tarde se descubrieron estas estructuras en palomas, abejas, pájaros y algunos primates.

Los magnetosomas están formado por oxido férrico y se encuentran ubicados cerca de la hipófisis, en los senos etmoidales, en la glándula pineal y en las suprarrenales así como en la masa cerebral.

Recientemente se ha descubierto que la glándula pineal, situada aproximadamente en el centro del cerebro contiene en su interior cristales de magnetita. Esta glándula, a través de la producción de la hormona llamada melatonina, controla gran parte de las funciones metabólicas del organismo.

La pigmentación por producción de melanina, la alternancia sueño vigilia, las reacciones a los estímulos externos y al estrés, y la producción de radicales libres, implicados en los procesos de envejecimiento.
Dado que la glándula pineal es un órgano magnético, está influido por los cambios diarios del campo magnético terrestre, y puede ser modulado con magnetismo externo.
Esta influencia natural de los campos magnéticos terrestres sobre la glándula pineal produce la alternancia sueño vigilia, que combina los procesos de actividad y consumo de energía con los de reposo y acumulación de la misma. Durante la vigilia predomina la energía magnética positiva, estimulante y excitante, mientras que en el sueño prevalece la energía negativa, la cual restaura las reservas de energía, elimina mediante los sueños el estrés y la ansiedad y estimula la producción de melatonina.

Factores que pueden generar desequilibrio:
- Mecanismos Internos: hábitos tóxicos, alergias, dietas inadecuadas y alteraciones metabólicas.
- Mecanismos Externos: contaminación electromagnética (electrodomésticos, líneas de alta tensión, etc.), toxinas, alergenos.

Efectos de la energía magnética sobre el organismo:
- Aumenta la oxigenación de los tejidos y combate la infección , por lo que acelera la curación de heridas, fracturas y lesiones hísticas.
- Reduce la inflamación y disminuye el líquido retenido.
- Estimula el sueño.
- Alivia el dolor.
- Fomenta la claridad mental y el proceso de razonamiento.
- Reduce los depósitos grasos, tanto subcutáneos como a nivel de los vasos sanguíneos, reduciendo las placas de ateroma causantes de la arteriosclerosis.

Efectos bioquímicos de los campos magnéticos:
En 1970 Chalozonitis y Cols estudiaron los efectos de un campo magnético homogéneo sobre los bastoncillos de la retina los cuales se orientaron paralelamente a las líneas de flujo magnético, lo mismo se detectó en las moléculas de queratina, colágena y fibras musculares, lo que ha sugerido que es la estructura proteica la que determina esta orientación. Lo más interesante es la orientación que sufren las proteínas de la membrana celular, sobre todo las de la parte intrínseca, pues si llegan a orientarse en paralelo se facilitan los movimientos iónicos a través de la membrana, lo que explicaría la polarización de la membrana celular que hemos observado, a través del electrocardiograma, en las fibras musculares del corazón.

Tratamientos con Campos magnéticos y sus precauciones:
- No debe utilizarse sobre el abdomen durante el embarazo.
- No debe utilizarse en personas portadoras de marcapasos cardíacos.
- La Magnetoterapia debe utilizarse bajo supervisión médica.

Algunas situaciones de salud en que se puede emplear la Magnetoterapia:
- Los dolores y molestias que se presentan durante el síndrome de abstinencia por tratamientos de deshabituación a drogas.
- Reacciones alérgicas.
- Dolores articulares agudos y crónicos, en cualquier localización.
- Quemaduras.
- Trastornos emocionales.
- De cualquier modo, antes de emplear la terapia magnética para cualquier dolencia, debe consultarse con un médico, quien indicará si es pertinente o no su utilización.

Cáncer:
- Experimentos realizados in vitro sugieren fuertemente que la Magnetoterapia no cura el cáncer, pero también sugieren que puede retardar su desarrollo y reducir algunas de sus manifestaciones, como es el dolor y evitar algunas de las complicaciones que se derivan de la quimioterapia y radioterapia (Rehabilitación de las mastectomizadas en las que se observa reducción de la serosidad, mejoría de la arteritis postoperatoria y reducción de la esclerosis conectiva postlinfática. Tratamiento del dolor, especialmente el producido por metástasis ósea. Tratamiento de la flebitis y neuritis en el curso de la quimioterapia. En la Radiodermitis: se combina la cobaltoterapia con la Magnetoterapia para prevenirla).

Enfermedades Vasculares:
Flebopatías: Los resultados son excelentes en las flebitis aguda, en el edema y en las úlceras varicosas debido a tres acciones comprobadas:
- efecto antiflogístico de la Magnetoterapia.
- acción antiedematosa
- efecto estimulante de la reparación tisular.

Arteriopatías: Resultados excelentes en el tratamiento de la arteriopatía obstructiva de los miembros inferiores con reducción de la claudicación intermitente (formación de vasos pequeños y disminución del espasmo vascular).